Při energetickém využívání biomasy musí být zachována biodiverzita, nesmí vytvářet přílišné nároky na vodní zdroje a zachovat stabilní podíl uhlíku v ekosystémech. Řešením tedy rozhodně nejsou biopaliva první generace z řepky nebo palmového oleje.

Může to ale být například dřevo z rychle rostoucí vrby nebo seno z květnaté louky. V některých případech je při pěstování takových plodin biodiverzita dokonce větší.